瓯江口产业集聚区分三期建设， 2011-2015年为重点建设期，将重点推进滩涂围垦、道路建设、电力电网、环境保护等重大基础设施项目建设，加快建设部分重点功能区。2016年-2020年为推进发展期，期间将推动半岛生态科技产业基地进入大规模建设，基本形成产业集聚区主框架。2021年-2030年为成熟完善期。基本实现设施配套、高新产业集聚、生态良好、城市功能增强的建区目标。
规划八大功能区。分别是商务行政区、滨海现代产业区、灵昆服务产业集聚区、空港经济区、状元岙综合港区、半岛生态科技产业区、洞头科教旅游商务区、大门临港产业区。